Väitös tietotekniikan alalta, DI Pauli Suhonen

2018-09-07 12:00:00 2018-09-07 23:59:57 Europe/Helsinki Väitös tietotekniikan alalta, DI Pauli Suhonen Kahden erilaisen polymeeritranslokaatioilmiön dynaamisten ominaisuuksien määritys http://cs.aalto.fi/fi/midcom-permalink-1e875296ea45b9a752911e88ed3d95cbccfb904b904 Otakaari 2, 02150, Espoo

Kahden erilaisen polymeeritranslokaatioilmiön dynaamisten ominaisuuksien määritys

07.09.2018 / 12:00

Diplomi-insinööri Pauli Suhonen väittelee perjantaina 7.9.2018 klo 12 Aalto-yliopiston perustieteiden korkeakoulussa salissa T2, Konemiehentie 2, Espoo. Väitöskirjassa "Dynamical aspects of driven and chaperone-assisted polymer translocation" tutkittiin ajettua ja kaperoniavusteista polymeeritranslokaatiota karkeistettujen tietokonesimulaatiomallien avulla.

Väitöskirjassa tarkastellaan polymeerien translokaatiota nanokanavan läpi kalvon puolelta toiselle. Translokaatiota tutkittiin yksinkertaisten tietokonemallien avulla statistisen fysiikan näkökulmasta. Biopolymeerit kuten DNA, RNA ja proteiinit määrittävät kaikkien elävien organismien rakennetta ja toimintaa. Solun sisäisessä ympäristössä nämä polymeerit kulkevat monimuotoisten kalvorakenteiden läpi polymeeritranslokaatiota hyödyntäen. Tietokonesimulaatiot auttavat näiden kuljetusilmiöiden ymmärtämisessä. Polymeeritranslokaation fysiikan tutkimus on hyväksi myös genomin määritykseen käytettävän DNA:n nanoporesekvensoinnin kehityksessä.

Väitöskirjan tutkimuksen kohteena oli kaksi erilaista translokaatioilmiötä. Ajetussa polymeeritranslokaatiossa kanavan sisällä oleva sähkökenttä kuljettaa varautunutta polymeeria kalvon läpi. Kaperoniavusteisessa translokaatiossa kalvon vastaanottavalla puolella diffundoituvat kaperoniproteiinit sitoutuvat translokoituvaan polymeerin, ajaen prosessia eteenpäin. Väitöskirjassa vastataan avoimiin kysymyksiin mm. jännityksen leviämisestä ja translokaatioajan skaalautumisesta polymeerin pituuden funktiona. Lisäksi väitöskirjassa esitetyt kaperoniavusteisen translokaation simulaatiot ovat lajissaan ensimmäiset taipuisille polymeereille kolmiulotteisessa avaruudessa.

Väitöstiedote (pdf)

Vastaväittäjä: Ass. Prof. Hendrick W de Haan, University of Ontario Institute of Technology, Kanada

Kustos: professori Jouko Lampinen, Aalto-yliopiston perustieteiden korkeakoulu, tietotekniikan laitos